Das Kloster wurde im Jahre 1525 im Zuge des Bauernkrieges durch den Bönnigheimer Haufen unter Hans Menckler geplündert, gebrandschatzt und zu großen Teilen zerstört.
Mit der Einführung der Reformation in Württemberg ab 1534 wurde der Klosterbetrieb zunehmend durch neue Regelungen und Verordnungen gegängelt, so war zum Beispiel die Abhaltung von öffentlichen Gottesdiensten des "alten" Glaubens verboten. Die Nonnen, die dem Adel oder der "Ehrbarkeit" entstammten und größtenteils hoch gebildet waren, setzten sich dabei im Rahmen ihrer Möglichkeiten selbstbewusst gegen die Annahme des neuen Glaubens erfolgreich zur Wehr. Besonders hervorzuheben ist dabei eine der letzte Äbtinnen, Paula von Liebenstein, die mehrere Versuche von Bietigheimer Pfarrern einen reformierten Gottesdienst in der Klosterkirche abzuhalten mit Spott- und Schmähgedichten quittierte. Im Konvent hatten sich dabei zwei Fraktionen gebildet, die Mehrheit blieb dem "alten" Glauben treu, eine kleine Minderheit stand den Gedanken der Reformation aufgeschlossen gegenüber. Im Rahmen der Auseinandersetzung zwischen diesen beiden Gruppen kam es nach Überlieferungen zu körperlichen Auseinandersetzungen bis hin zu blutigen Schlägereien.
Durch eine neue Klosterordnung im Jahre 1539 wurden Neueintritte in das Kloster untersagt. Nachdem das Kloster nicht ohne weiteres sofort aufgelöst werden konnte setzten die württembergischen Herzöge bzw. die evangelische Landeskirche damit auf Zeit und verhinderten durch die verbotene Neuaufnahme von Novizinen in das Konvent ein Fortbestand desselben, so dass der Klosterbetrieb nach und nach einschlief bis er dann im Jahre 1564 mit dem Wegzug der letzten verbliebenen Nonne Magdalena von Winterstetten letztendlich ohne offizielle Einstellung erlosch.
Im Rahmen der Gegenreformation in Württemberg während des Dreißigjährigen Krieges wurde 1634 nach der für die protestantische Seite verlorenen Schlacht bei Nördlingen versucht das Klosterleben wieder zu begründen, welches jedoch mit dem Westfälischen Friede ab dem Jahre 1648 endgültig endete.
Der württembergische herzogliche Hof nutzte nach 1564 für mehrere Jahre die Klosteranlage als Unterkunft für die Strombergjagden. Aus dieser Zeit stammt das Gebäude "Alte Schmiede", welches nach einem auf Veranlassung des Landesamt für Denkmalschutz angefertigten Bauforschungsbericht größtenteils aus dem Jahre 1571 stammt und als Küche für die Versorgung der Jagdgesellschaften errichtet wurde.
Die landwirtschaftlichen Flächen des ehemaligen Klosters wurden ab dieser Zeit als Domäne Rechentshofen bewirtschaftet und dem Hofkameralamt Freudental zugeschlagen. Die dabei erzielten Erträge flossen in den Kirchenkasten, auch bekannt als evangelisches Kirchengut, mit dessen Geldern württembergische Kirchen und Schulen erhalten wurden.
Im Zuge der Umwandlung des Herzogtums Württemberg in ein Königreich anno 1806 erfolgte die Übertragung der Domäne vom Kirchen- und Schulvermögen in das dann eigenständige Staatsvermögen.
Im Jahre 1812 erfolgte ein Tausch der Domäne vom Staatsvermögen Württembergs auf das Vermögen der Hofkammer des Hauses Württemberg und seit dieser Zeit bis zum Jahre 2011 diente die ehemalige Klosteranlage den Domänenpächtern als Hofstelle für die Bewirtschaftung der landwirtschaftlichen Flächen.
Nach Ende der Monarchie in Württemberg im Jahre 1918 blieb die Domäne als Vermögen der Hofkammer im Besitz der Familie von Württemberg.
Diese verkaufte die Hofstelle mit den umliegenden Grün- und Ackerflächen Ende des Jahres 2016 an die Familie Jana und Philipp Layher während der Großteil der landwirtschaftlichen Flächen bei der Hofkammer verblieb.
Seit der 2. Hälfte des 19. Jahrhunderts gab es auf dem Rechentshof 3 teils verheerende Brände.
1882 wurde die ehemalige Klosterkirche ein Opfer von Flammen, die auch auf die oberen Stockwerke des erst 1866 erbauten Wohngebäude der Domänenpächter übergriffen. Anstelle der Nutzung für Gottesdienste (Rechentshofen hatte seit 1807 keine eigene Kirchengemeinde mehr) erfolgte nach Wiederaufbau eine Verwendung des Gebäudes als Getreidelager. Hierfür wurde ein Elevator installiert, der das Getreide bis unter das Dach beförderte von wo es in freiem Fall auf 4 Lagerebenen aus Holz bzw. Beton eingelagert werden konnte.
Im Jahre 1929 verursachte ein Blitzschlag einen weiteren schweren Brand im Hauptstallgebäude, welches daraufhin niederbrannte und größtenteils wiederaufgebaut werden musste.
1996 brannte ein Seitenflügel des Schweinestalls, weshalb der Dachstuhl dieses Gebäudeteils verhältnismäßig zu der sonstigen Gebäudesituation auf dem Rechentshof jung ist.